選擇離心機須根據懸浮液（或乳濁液）中固體顆粒的大小和濃度、固體與液體（或兩種液體）的密度差、液體粘度、濾渣（或沉渣）的特性，以及分離的要求等進行綜合分析，滿足對濾渣（沉渣）含濕量和濾液（分離液）澄清度的要求，初步選擇采用哪一類離心分離機。然后按處理量和對操作的自動化要求，確定離心機的類型和規格，最后經實際試驗驗證。
通常，對于含有粒度大于0.01毫米顆粒的懸浮液，可選用過濾離心機；對于懸浮液中顆粒細小或可壓縮變形的，則宜選用沉降離心機；對于懸浮液含固體量低、顆粒微小和對液體澄清度要求高時，應選用分離機。

離心機的型號、種類繁多，價格比較貴，選購時應根據工作多方衡量。通常應從下邊幾個因素考慮：
（1） 離心的目的，分析離心還是制備離心；
（2） 樣品的種類和數量，是細胞、病毒，還是蛋白，樣品量的大小。根據這些因素決定購買分析離心機還是制備離心機；是低速、高速還是超速；是大容量、常量的還是微量的離心機。
（3） 經濟能力：當機型確定后就應考慮生產廠家及價格，價格和產品的性能是同步的。
（4） 其他細節：如離心操作是否簡便，維修是否方便，設計是否已過時，易損件供應是否方便等問題。
（5） 配套問題：一臺離心機不可能同時在低速，高速和超速條件下運行。一般講超速離心機只限于超速離心，不宜于做高速離心更不宜于做低速離心，同樣高速離心機也不宜于低速離心。因此買超速離心機要考慮配備高速離心機，否則發揮不了優勢。一般說低速、高速的使用頻率較高，而超速離心機的利用率較低，超速離心機僅經常使用的實驗室購置或考慮地區性的公用設置。
離心機的型號確定后，就是選購什么樣的離心轉頭。考慮的最主要的根據就是樣品的容量及離心的條件。通常有水平轉頭和角轉頭各一個，或大容量（相對較低速）的轉頭和小容量高轉速的轉頭各一個即可滿足工作中的不同需要，不可追求越全越好，因為離心轉頭種類很多，許多是相似的，而超速機的轉頭價格相當昂貴，如果全部配齊其價格要比離心機主機高出好幾倍，也沒有必要。由于轉頭轉速的不同價格相差很大。從轉速上講不宜追求越高越好，但應有離心機允許的最高轉速的轉頭，否則對離心機而言是個浪費。有兩臺離心機的單位可考慮轉頭型號互補以節省經費。